Studiował teologię moralną na Katolickim Uniwersytecie Lubelskim, a następnie Uniwersytecie „Alfonsjanum” w Rzymie. Po powrocie do diecezji w 1984 r. został ojcem duchownym WSD w Płocku, był wykładowcą teologii moralnej i etyki w WSD, Soborowym Studium Teologiczno-Pastoralnym Diecezji Płockiej (sekcja katolików świeckich), Kolegium Teologicznym Diecezji Płockiej.
Był asystentem kościelnym Klubu Inteligencji Katolickiej w Płocku (1987-1999). Pełnił funkcję redaktora naczelnego „Studiów Płockich” (1997-2012), rektora WSD przez dwie 3-letnie kadencje (1999-2005), członka Rady ds. Ekonomicznych Diecezji Płockiej (1999). Pełnił także funkcję opiekuna duchowego wdów i dziewic konsekrowanych (2007-2018), przewodniczącego Komisji ds. małżeństwa i rodziny 43. Synodu Diecezji Płockiej (2012-2015), przewodniczącego Rady Społecznej przy Biskupie Płockim (2015). Został pierwszym przewodniczącym Stowarzyszenia Teologów Moralistów w Polsce (2006).
Przez wiele lat wykładał w Uniwersytecie Kardynała Stefana Wyszyńskiego w Warszawie. Był także m.in. wykładowcą w Państwowej Uczelni Zawodowej im. Ignacego Mościckiego w Ciechanowie, w Wyższej Szkole Pawła Włodkowica w Płocku i w Akademii Humanistycznej im. Aleksandra Gieysztora w Pułtusku. Aktywnie działał w wielu stowarzyszeniach świeckich i kościelnych. Był autorem bloga na stronie internetowej diecezji płockiej.
Ks. Mroczkowski był kanonikiem honorowym Kapituły Katedralnej Płockiej (1996) i kapelanem Ojca Świętego (prałatem -1997). W 2007 r. został odznaczony Wielkim Orderem św. Zygmunta.
Od wielu lat zmagał się z chorobą nowotworową. Zmarł nagle 17 sierpnia 2020 r. w domu rodzinnym w Borutach.
