Na terenie parafii Ruże, we wsi Obory w 1605 r. Łukasz i Anna Rudzowscy ufundowali ojcom karmelitom z konwentu bydgoskiego drewniany kościół i klasztor, który spłonął w 1617 r. W 1608 r. fundację Rudzowskich potwierdził papież Paweł V.
Obecny, murowany kościół zbudowano wkrótce po pożarze w latach 1627-1642, a konsekrował go w 1649 r. biskup sufragan płocki Wojciech Toliborski herbu Nałęcz. W 1694 r. zostało ukończone dwuprzęsłowe prezbiterium, zaś w 1747 r. dobudowano kwadratową zakrystię. W 1740 r. dobudowano do świątyni kaplicę Opatrzności Bożej, z fundacji Juliusza Dziewanowskiego, zaś w latach 1748-1749 także barokową, trójkondygnacyjną wieżę o wysokości 45 m. Oficjalną budowę klasztoru zamknięto w 1753 r. Prospekt organowy rokokowy z XVIII w., w 1757 r. notowano instrument Wawrzyńca Zadorskiego z Warszawy, zaś w 1909 r. Dominik Biernacki z Dobrzynia umieścił swoje dzieło. W 1966 r. trakturę organów zmieniono na pneumatyczną i przebudowano je; obecnie mają 8 głosów. W 1824 r. na organach oborskich grał Fryderyk Chopin
W ołtarzu głównym z 1696 r. znajduje się słynąca łaskami figura Matki Bożej Bolesnej, przywieziona przez karmelitów z Bydgoszczy. Pochodzi ona prawdopodobnie z XV w. 18 lipca 1976 r. figura została ukoronowana papieskimi koronami przez Prymasa Polski Stefana Wyszyńskiego, który nazwał ją Patronką Ziemi Dobrzyńskiej. Cudowna figura Matki Bożej Bolesnej zwana „Pietą Oborską” wykonana została z drzewa lipowego na przełomie XIV i XV w. w bydgoskim środowisku rzeźbiarskim. Ołtarze boczne: (1) Matki Bożej Szkaplerznej, proroka Eliasza i św. Teresy z Avila, św. Jadwigi i św. Elżbiety z XVII w.; (2) św. Józefa, św. Teresy z Avila, św. Barbary z XVIII w.; (3) ołtarz z rzeźbami proroków Eliasza i Elizeusza z XVIII w.; (4) św. Antoniego Padewskiego i św. Barbary z XVIII w.; (5) Opatrzności Bożej w kaplicy, z obrazem komunii świętych Aniołów i Onufrego, z fundacji Dziewanowskich. Rokokowe stalle z połowy XVIII w. W nawie liczne płyty nagrobne i tablice epitafijne.
Kaplica Krzyża Świętego, wybudowana przez Jakuba Suskiego, w 1686 r. na przyległym do kościoła wzgórzu, gdzie znajduje się stary cmentarz, który dał początek obecnej Kalwarii. Kaplicę przebudowano w XIX w.
W czasie II wojny światowej Niemcy zorganizowali w klasztorze oborskim obóz przechodni dla duchownych i aresztowanych Polaków z terenów ziemi dobrzyńskiej.
Parafię w Oborach erygował 17 października 1971 r. biskup płocki Bogdan Marian Sikorski, wydzielając ją z parafii Ruże. W ostatnich latach wykonano prace konserwatorskie figury Matki Bożej Bolesnej, a także głównego ołtarza.
Na terenie parafii we wsi Chojno istniał dawniej kościół pw. św. Stanisława, prawdopodobnie z XIV w., wzmiankowany po raz pierwszy w 1410 r. Na początku XVII w. uległ on zniszczeniu, a duszpasterstwem parafii zajął się proboszcz z Ruża.