Wieś Szyszki od XIII do XVIII w. była własnością biskupstwa płockiego, zaś po sekularyzacji dóbr od ok. 1800 r. własnością rządową.
Parafia mogła być utworzona w początkach XV w. przez biskupa płockiego Jakuba z Kurdwanowa (Korzkwi). Kościół parafialny pw. Przemienienia Pańskiego wzmiankowany był jako parafialny już w 1449 r., zaś w 1609 r. jako drewniany pw. św. Bartłomieja. Kolejny drewniany kościół, malowany wewnątrz, wzniósł biskup płocki Ludwik Bartłomiej Załuski herbu Junosza w 1714 r., a konsekrował go w 1718 r. W 1847 r. po likwidacji parafii Gąsiorowo do parafii Szyszki przyłączono wsie: Kosiorowo, Strzegocin (z klasztorem bernardynów) i Dziarno, zaś odłączono je w 1906 r. do nowo powstałej parafii Strzegocin. Świątynia spłonęła wraz z zabudowaniami plebańskimi w 1879 r., dlatego przez dwadzieścia kolejnych lat siedzibę parafii przeniesiono do Strzegocina. W latach 1794-1837 proboszczem w Szyszkach był prepozyt kapituły płockiej, późniejszy biskup sufragan warszawski Tomasz Chmielewski.
Obecny murowany kościół wystawiono w latach 1887-1899 z inicjatywy ks. Ignacego Antoszewskiego, według projektu architekta Feliksa Nowickiego z 1879 r. Plebanię i część budynków gospodarczych wybudowano staraniem ks. Józefa Zaremby (1902-1906), który także sprawił wielki ołtarz. Konsekracji kościoła dokonał 17 maja 1909 r. biskup płocki Antoni Julian Nowowiejski. Malowidła ścienne wykonał w 1953 r. Józef Warzyński, według projektu Władysława Drapiewskiego. Kościół jest murowany z cegły, fasadą zwrócony na wschód, neogotycki, jednonawowy, z węższym prezbiterium zamkniętym trójbocznie, po bokach którego składzik i zakrystia. W prezbiterium sklepienie krzyżowo-żebrowe, w nawie otwarte wiązanie dachowe, podłoga drewniana. Na osi fasady wieża. W ołtarzu głównym z początku XX w. obrazy: Trójcy Przenajświętszej i Przemienienia Pańskiego, kopia według Rafaela. W ołtarzach bocznych obrazy: św. Bartłomieja (autorstwa Ignacego Stelmaskiego z 1912 r.) i Matki Boskiej Częstochowskiej (malował Franciszek Jędrzejczyk w 1924 r.). Trzy witraże z lat 1936-1939, pozostałe z lat 1973-1975 z warsztatu J. Olszewskiego. W 1908 r. ufundowano ośmiogłosowe organy o trakturze mechanicznej z zakładu Jana Szrejberta w Włocławka.
Staraniem ks. Kazimierza Kozickiego i parafian w kościele wymieniono instalację elektryczną, odnowiono malowidła, ufundowano nowe ławki, poprawiono parkan, wykonano nowe meble w prezbiterium. Prace renowacyjne podjął kolejny proboszcz, ks. Bogdan Adamowicz, wraz z parafianami: położono nową, drewnianą podłogę w kościele, wymieniono drzwi, wstawiono trzy witraże, sprawiono nowy ołtarz, malowano dach i remontowano wieżę, wykonano nowe schody, pozłocono wszystkie ołtarze, figury, odnowiono organy i feretrony, wyremontowano chodnik procesyjny i parking przy kościele, odnowiono plebanię.
Proboszcz