Lekowo pozostawało w rękach Lubiczów Lekowskich do poł. XVII w. Kościół pw. św. Stanisława erygował zapewne biskup płocki Tomasz ok. 1280 r. Biskup płocki Ścibor z Radzymina ok. 1385 r. potwierdził przynależność wsi i dziesięcin do kościoła parafialnego; nastąpiło to prawdopodobnie w związku z powstaniem nowej parafii w Zeńboku. Świętosław, kustosz płocki i prawdopodobnie proboszcz lekowski (1370-1406?) uzyskał dla kościoła odpusty od biskupów zgromadzonych na synodzie prowincjonalnym w Kaliszu w 1406 r. Bartosz Paprocki ok. 1580 r. twierdził, że kościół lekowski miał być „z zaczęciem wiary chrześcijańskiej w Polsce fundowany”.
Pierwotna świątynia z XIII w. na pocz. w. XV wymagała kapitalnego remontu. Prawdopodobnie zniszczył ją najazd krzyżacki w 1409 r. Wybudowany zapewne wkrótce potem modrzewiowy, obszerny kościół był kilkakrotnie remontowany.
Z akt wizytacji z 1609 r. wynika, że kolejny konsekrowany, drewniany kościół miał sufit wsparty na czterech filarach oraz dwa murowane przedsionki (obok głównego i bocznego wejścia). Być może w latach 1597-1600 miała miejsce przebudowa lub nawet budowa nowego kościoła. Przylegała do niego kaplica św. Anny, ufundowana wraz z ołtarzem w 1602 r. przez Hieronima Dunin Wolskiego. Wewnątrz znajdował się główny ołtarz Matki Bożej. Altarię Świętej Trójcy ufundował kanonik płocki Mikołaj Lekowski (1535); zaś altarię Wniebowzięcia NMP – podstoli ciechanowski Stanisław Lekowski (1597). W 1614 r. powstało bractwo św. Anny. Około 1690 r. ks. Antoni Wskrzyński podjął się remontu niszczejącego kościoła, którego stan w 1764 r. miał być opłakany.
Obecną świątynię o wymiarach 31 m x 14 m wzniósł na miejscu poprzedniej w 1772 r. własnym kosztem ks. Józef Kawczyński, który nie zdążył dokończyć budowy. Do kościoła z solidną podłogą sosnową, dziesięcioma oknami i z dachem krytym gontem przeniesiono stare ołtarze. Obiekt gruntownie remontowano w 1843, 1870 i 1975 r. Kościół został poświęcony 11 września 1870 r. przez ks. Feliksa Motylińskiego, archidiakona kolegiaty pułtuskiej.
Obecnie w ołtarzu głównym, wykonanym w fabryce mebli Szonerta, znajdują się obrazy: Matki Bożej z Dzieciątkiem i Świętej Trójcy (zasuwany obrazem św. Stanisława, namalowanym przez Kazimierza Alchimowicza w 1871 r.). Wszystkie ołtarze pochodzą z lat 1870-1873. Boczne poświęcone są: Przemienieniu Pańskiemu (obraz Kazimierza Alchimowicza z 1872 r.) i Chrystusowi Ukrzyżowanemu. Polichromię, wykonaną w 1873 r., odnowił w 1955 r. H. Domurat. Organy z 1857 r. z pracowni Mateusza Mielczarskiego; pozostał z nich jedynie prospekt. Ok. 1925 r. zainstalowano w nim pneumatyczny instrument, wykonany przez Antoniego Adolfa Homana z Warszawy. Ponadto zachował się zabytkowy dzwon „Stanisław” z 1672 r. Dzwonnica drewniana, konstrukcji słupowej, oszalowana, z XIX w.
Gdy proboszczem parafii Lekowo był ks. Tadeusz Janowski (1974-1993) została wybudowana obszerna, murowana plebania (1977-1980) oraz w 1987 r. kościół filialny pw. św. Maksymiliana Marii Kolbego w Krośnicach z fundacji ks. Franciszka Sokołowskiego. Zaś na początku XXI w., staraniem ks. proboszcza Jana Tuszyńskiego, przeprowadzono renowację całego budynku kościelnego i dzwonnicy w Lekowie oraz położono nowy chodnik z polbruku przy kościele i na cmentarzu grzebalnym. Wybudowano nowy parking przed kościołem i przy cmentarzu. Nastąpił też generalny remont organów i organistówki, a w kościele zainstalowano nową aparaturę grzewczą.
Proboszcz