Miejscowość Winnica nad rzeką Niestępówką wymieniana jest w 1230 r. jako należąca do posiadłości biskupstwa płockiego. Już wtedy mógł istnieć w niej kościół z fundacji biskupiej. Parafie pw. Najświętszej Maryi Panny erygował w 1371 r. biskup płocki Stanisław Sówka ze Szczawina herbu Prawdzic, a kolejna świątynia mogła powstać z fundacji biskupa płockiego Dobiesława Sówki w latach 1375-1378. Być może wówczas nadano kościołowi wezwanie Świętej Trójcy.
Obecny murowany kościół wzniesiono w latach 1484-1514 w stylu pseudobazyliki, z prezbiterium zamkniętym trójbocznie, z inicjatywy archidiakona pułtuskiego Pawła z Łyczek. W 1509 r. prowadzono prace przy budowie dwóch wież na frontonie, które istniały jeszcze w 1739 r. Jedną z nich rozebrano zapewne przy okazji budowy nowej więźby dachowej w 1813 r., zaś około 1890 r. staraniem ks. Juliana Dmochowskiego przerobiono okna w nawach bocznych i podwyższono poziom podłogi. Kościół jest w stylu gotyckim, na cmentarzu grzebalnym otoczonym kamiennym murem. Jest orientowany, murowany z cegły, trójnawowy. Prezbiterium dwuprzęsłowe, zamknięte trójbocznie, korpus nawy pięcioprzęsłowy, tęcza ostrołukowa. Nawy i prezbiterium kryte stropem z fasetą na gzymsie, okna ostrołukowe. Wyposażenie w większości rokokowe z 3 ćw. XVIII w., ołtarze odnawiane w 1989 r. przez Sylwestra Kwiatkowskiego. Ołtarz główny z obrazem Trójcy Świętej w polu głównym, z 3 ćw. XVIII w., odnowiony przez Szymona Zarębę w 1991 r., w zwieńczeniu obraz Zwiastowania. W lewym ołtarzu obraz Matki Boskiej z Dzieciątkiem, w zwieńczeniu obraz Serca Jezusowego; w prawym obraz Matki Boskiej Nieustającej Pomocy wykonany przez Hansa Burckharda w Rzymie w 1900 r., w zwieńczeniu obraz Stygmatów św. Franciszka z XVIII w. Ambona zrekonstruowana z wykorzystaniem ornamentów rokokowych. W ołtarzu bocznym obraz Matki Bożej Pocieszenia z ok. 1744 r. Trzynaście witraży według projektu H. Bożyka. Prospekt organowy z czternastogłosowym instrumentem z 1892 r., wykonany przez Walentego Jaskulskiego z Warszawy; obecnie przedysponowany. Stacje Męki Pańskiej płaskorzeźbione, z 1899 r. z fabryki Wincentego Bogaczyka. W dawnej kruchcie urządzono kaplicę Matki Boskiej Częstochowskiej. Drzwi żelazne do zakrystii pochodzą prawdopodobnie z XVI w.
Jesienią 1944 r. Niemcy zdewastowali kościół, zniszczono dach i zabudowania w wielu wsiach, z których wysiedlono miejscową ludność. W latach powojennych podjęto remont kościoła i położono nową, drewnianą podłogę. W 1989 r. staraniem ks. Stanisława Strusia i parafian Piotr Warzyński z Augustowa i Sylwester Kwiatkowski z Białegostoku wykonali nową malaturę w kościele
W 1879 r. na cmentarzu grzebalnym wzniesiono neogotycką, murowaną z cegły na rzucie prostokąta z absydą kaplice grobową; elewacje frontowa i tylne zwieńczone szczytami ze sterczynami.
W kościele w Winnicy w 1807 r. ostał ochrzczony Sługa Boży Bogdan Teodor Jański, współzałożyciel Zgromadzenia Zmartwychwstania Pańskiego.
Proboszcz
Wikariusz